Pontaut suivit d’abord la règle de saint Benoit et prit rapidement une certaine importance, car, dès 1125, l’abbé du nouveau monastère, Geoffroi, aurait été choisi comme arbitre avec l’évêque d’Aire dans un différend qui sépara l’Abbaye de saint- Pé de Générez (aujourd’hui St-Pé-de-Bigorre) et les Seigneurs de Samadet. Sous les auspices de l’évêque d’Aire, les bénédictins de Pontaut s’affilièrent bientôt aux cisterciens de Pontigny et de Jouy (diocèse de Sens) et adoptèrent la nouvelle règle de saint-Bernard. D’après Larcher, les Cisterciens se seraient établis à Pontaut le 8 mai 1151.

Le site agreste sur la rive droite du Luy, dans une vallée fertile abritée des vents froids plut aux disciples de Saint-Bernard. Ses bienfaiteurs la dotèrent avec magnificence : l’ancienne maison de Navailles, des donations de divers pères, des vicomtes de Marsan, de divers cens sur des maisons de

Hagetmau, de Louvigny dont le moulin, la dîme Lirac près de Monségur qui portait sur le froment, le seigle et le millet, le vin et le cidre, les bœufs, agneaux, porcs, poulets et fromages, etc.

Quelques années plus tard toutes les acquisitions temporelles de l’Abbaye, depuis sa fondation, furent officiellement confirmées. Un mandatement d’Edouard 1er, roi d’Angleterre, donné à Condom le 20 avril 1289, approuve et confirme -sans les énumérer- les acquisitions faites jusqu’à ce jour par Pontaut, réserve faite au profit du roi, de la haute justice et des causes capitales et domaniales.

Les libéralités, les donations pieuses des seigneurs et des particuliers si fréquentes au moyen Age, en faveur des établissements religieux, ne firent pas défaut à Pontaut. A la date du 5 août 1322, le testament de Navarre de Mauléon, la dame de Castelnau mère de Pierre de Castelnau, fondateur de la Bastide de Geaune, attribue la somme de 5 sous morlans à l’abbaye. En même temps l’évêque Garcie d’Aire s’intéresse au monastère. En est témoin l’union faite par lui le 24 avril 1331, avec le consentement de son chapitre, de l’église St-Pierre de Mant avec tous les droits, profits et dîmes.

Au début du XVème siècle l’abbé de Pontaut s’associe avec Jean de Navailles, seigneur de Pomps pour acheter au vicomte d’Orthe, Jean d’Aspremont la seigneurie de Monget, voisine de Pontaut. L’acte de vente passé le 26 août 1403 moyennant 2048 florins, se termine par l’acte de fidélité prêté par les habitants de Monget à leurs nouveaux maîtres, le seigneur de Pomps et l’abbé de Pontaut.

Les riches possessions de l’Abbaye suscitaient des jalousies, différends et chicanes. La forêt qui couvrait les flancs de la vallée du Luy, de Mant à Poudenx, à travers les territoires de Monget, Peyre et Monségur excitait notamment la convoitise des voisins. Dès le milieu du XIVème siècle, l’abbé Archambaud reprochait aux habitants de Mant les dégâts causés par eux dans la forêt.