En 1453, les Cisterciens et les jurats de Mant comparurent devant Jean seigneur de Navailles, siégeant à Pontaut, dans la chambre de l’abbé, pour régler leurs différends « au sujet du boscage ».

Faute de documents, nous ignorons presque tout de la vie spirituelle et de l’organisation intérieure de l’Abbaye au Moyen-Age. Aucun statut, aucun règlement sur le service divin n’est connu. D’après l’abbé Légé, vers 1450 et 1560, le nombre de religieux s’élevait à douze. A la veille des guerres de religion, il importe de noter la prospérité matérielle de ce « beau et riche monastère, où logea le roi de Navarre, pourvu de plusieurs logis, de granges et d’une excellente église » (extrait d’un procès verbal de Charles IX).

- Des guerres de religion à la révolution
L’Abbaye de Pontaut ne fut pas épargnée par les guerres de religion. Les détails du pillage de l’Abbaye sont fournis par le procès verbal rédigé en 1572 sur l’ordre de Charles IX pour constater les dégâts. C’est au mois de novembre 1569 que l’Abbaye fut saccagée par les protestants. L’église et les bâtiments en partie brûlés et démolis, les ornements, joyaux, livres, cloches et tous autres biens meubles pillés et emportés par le capitaine Arblade et ses gens, tous de la même religion : tel est le triste bilan du passage des huguenots.

L’incendie et la démolition de l’Abbaye ont été faits par Fontanier, Ducasse dit Sarrade, Mathieu Thèze, Etienne Candau, Andréas Thèze et Jardinier de Haget, Jean Desclaux dit meignes et Arnaud de Bayle de Saint-Genès. Le dit Mathieu Thèze avait enlevé l’horloge qui fut prise ensuite par Moles. Le dit Sarrade emporta la custode, Arnaud de Larquier un calice.

Voici un extrait d’une histoire de France (tome 11 p 172 de J Carsalade).
"Les Huguenots partirent la nuit du Fort de Bonnegarde, entrèrent en l’Abbaye de Pontaut, où ils daguèrent les moines et le prieur estant couchés

et pour ce que le prieur respirait encore, mirent le feu à son lit, le couvrirent de lard et de gresse afin de le consumer »

En même temps, la forêt voisine, orgueil de la communauté, est mise au pillage. "Tout auprès de l’Abbaye, il y avait une fauret qui a été dicipée, les arbres coupés et emportés par le nommé Claude, procureur au château de Hagetmau, Dominique Moncade, Mathieu Thèze »

Les métairies ne sont pas épargnées ; les dîmes sont saisies à leur tour. Deux religieux frère Jean Primat et frère Lambert, sont mis à mort par Jean et Andréas Thèze et Jean Dubastan puis jetés dans les "retraites" de l’Abbaye.

Après la guerre, les moines reviennent et s’installent au milieu des ruines, en "grande pauvreté et incommodité". Dès 1572, il ne reste à Pontaut que 7 religieux, dont quatre prêtres, plus un soldat estropié. Les offices religieux n’ont plus leur antique splendeur. Peu à peu, les places monacales sont désertes.

Vers la fin du XVIe siècle, les moulins, avec les fiefs de Mant donnaient 360 livres par an, Peyre 255, Monget 79, Auga 370, Montagut 650, Argelos 265, Navailles 400, Hagetaubin 643, Le Luy et Ronsac 950, Méracq 360, Beyries Sault, 870, etc

Au XVIIème siècle, il n’était pas rare de voir les abbayes appartenir à des abbés commendataires qui pouvaient être laïques et étrangers. En était-il ainsi à Pontaut de 1671 à 1696 ?. Barthélémy Lacaze, prieur de L’Abbaye de Gimont et vicaire général de l’ordre en province de Bordeaux fit vers 1670, une visite à l’Abbaye de Pontaut. Son logement, disent les religieux en parlant de l’abbé est une partie du dortoir, sans aucune séparation. Il y a chez lui, un commerce perpétuel de personnes séculières, de femmes et de filles, sous prétexte de porter du pain et du linge, qui ne sont pas des occasions à faire les religieux saints.