• soit en climat tropical, aux époques où les sols rouges ont subi une altération physique et chimique (météorisation) intense ;
• soit par la décomposition des exosquelettes siliceux d'organismes marins tels que les éponges.

La silice précipite alors sur le lit des océans en comblant les cavités laissées dans la craie (ou une autre forme de calcaire) et se cristallise en nodules.
Il semble que certains objets ou organismes aient pu contribuer à initier la cristallisation de certains silex. On trouve par exemple des fossiles d'éponge ou d'oursin au cœur de certains silex.

Dans cette hypothèse, le nodule en se formant - au cours d'une réaction autocatalytique lente - épigenise les calcaires environnants, c'est-à-dire que les molécules de carbonate de calcium sont remplacées une à une par des molécules de silice, sans changer la structure originelle de la roche ; ainsi le silex croît aux dépens du calcaire. Le phénomène de formation d'un nodule de silex s'arrête lorsque les dépôts de calcaire l'ensevelissent et le privent de l'apport en silice dissoute dans l'eau.
Les nodules de silex sont enveloppés d'une gangue plus ou moins épaisse nommée « cortex » et composée d'impuretés (dépôts organiques, etc.) repoussées vers l'extérieur lors de la croissance du silex.

Le silex a été utilisé tout au long de la Préhistoire et de la Protohistoire pour la fabrication d'outils et d'armes, du fait de sa faculté de se fractionner selon des lois constantes et contrôlables, en formant des arêtes tranchantes (cassure conchoïdale).
Il a également été employé dans le cadre des techniques de production de feu : frappés contre une roche riche en fer ou contre un morceau d’acier, les silex produisent des étincelles susceptibles d'être fixées par des matériaux tels que l'amadou. Du XVIIe au XIXe siècle, le silex a été utilisé en tant que percuteur pour les fusils (platine à silex).